テストの点数が悪くお小遣いを止められた少年、進藤ヒカル(しんどう　ひかる)は、何かお宝はないかと祖父の家の蔵を物色していた。そこで見つけたものは血のアトのような汚れがついた古い碁盤。ヒカルがその汚れを落とそうとした時、碁盤が光を放った!
「――見えるのですか?」
どこからともなく、何者かがヒカルに話しかけてきた!
ヒカルにしか聞こえないその“声”の主は、遠く平安時代のやんごとなき美丈夫、藤原佐為(ふじわらのさい)のものだった。佐為はかつて平安の都にあって、帝(みかど)に囲碁を指南する「囲碁指南役」という要職に就いていた。囲碁を愛してやまない佐為は、日々囲碁を打つことに至福を感じていた。しかし佐為は、彼を妬む者の奸計にかかり敗北。いわれのない汚名まで着せられて都を追われ、失意のうちに自ら命を絶つことになったのである。突如、その佐為の魂がヒカルに宿った!
佐為の囲碁への熱烈な想いに動かされ、ヒカルはそれまで興味のなかった囲碁の世界に次第に惹かれてゆくことになる。一方佐為もまた、時代とともに変化した囲碁にも貪欲に興味を示し、ヒカルを通して数々の勝負に挑む。そして囲碁界の頂点を目指すプロ棋士たちに、激しいライバル意識を燃やすのだが…。