L/R

イシュタルの王室美術館から盗まれたままの「人魚の足」。しかし、それ自体が実は王室誤認による国宝のまがい物。表沙汰になる前に「人魚の足」を取り戻す任務を帯びたL/Rは、その持主と目されるフロイト教授に接近。最後の作戦行動に出るために、雨中の飛行船に潜入する。

全世界の要人を集め開催される会議を狙って、犯罪組織ホーネットが要人暗殺を企てていると知った王室近衛隊。組織へ偽情報を掴ませ、一気に組織を壊滅しようとするが、直前になって情報が偽であると見ぬかれ、諜報員のモリヤが拉致されてしまう。作戦開始までに、偽情報を本物と思わせる任務を帯びたL/Rだったが…。

行方不明のイシュタル次期王位継承者を探す王室は、発見者に懸賞金を懸けた。しかし、現れるのは懸賞金目当ての偽王女ばかり。そんな折、王室近衛隊最高責任者・カミール女史がある少女を送り届けて欲しいとL/Rのもとにやって来る。任務を受けたL/Rはマスコミの取材をかわしながら、少女を連れて列車に乗るが…。

古代遺跡内にある王家の財宝を守る衛星兵器が、24時間のメンテナンスに入ることになった。システムの中断を狙って財宝を略奪せんとする輩を阻止する任務を与えられたL/Rは遺跡へと赴く。急襲を受けるL/Rは必死に防戦。しかし、気がつけば周りはエージェントだらけ。同業他社があい乱れる遺跡内に謎の通信が入る。

全世界に指名手配されている狙撃屋―グレイ・F・ストラトスが、王室主催の晩餐会を狙ってイシュタルに潜入した。L/Rはグレイの狙撃計画を阻止し、彼を捕獲し当局へ引き渡す任務を与えられる。だが、狙いが晩餐会出席者にあること以外、ターゲットは分からない。そして更に、暗躍するもう一つの存在がL/Rを襲う！

イシュタル市内で謎の連続爆破事件が発生。その直後「アンジェ」と名乗る正体不明の犯人から爆破予告状が届く。しかし、爆破の時間場所は童謡の歌詞をもじった謎かけの中。カミールから指令を受け、予告状が届いたDTI情報管理局へと赴くL/R。そこで出会った女性エージェントは、ジャックの元パートナーであった。

連続爆破犯「アンジェ」を追うL/Rはアイボリ島へと向う。一方王室では15年王女の正体を掴んだ摂政ランドが王女を捕獲せんとエージェントを送りこむ準備を進めていた。王室とDTIによるアイボリストン採掘島であるその島で、L/Rは少女ノエルと再会。そして彼女の世話をしている老人・ダグから驚きの事実を聞く。

真性15年王女であることが明かとなったノエルは、アイボリから王室へ来て2週間、王宮から一歩も外へ出られずにいた。一方、L/Rに新たな指令が下った。それは王室近衛隊の要職にありながらに金品を横領している「D」という人物の正体をつき止めること。L/Rは運び屋をしている男に接触し、その任務を果たすが…。

ロウはオフィス街の超高層ツインタワーを繋ぐゴンドラの故障により、DTI社員とその彼女、ゴンドラ整備員の少年、そして糖尿病を患った老人と共に上空に宙吊り状態となっていた。駆けつけたジャックとの間で決死の脱出を試みるロウだが、ゴンドラを繋ぐワイヤーには爆弾が仕掛けられていた。

歌の歌詞から、アンジェが次に行うであろう爆破場所を探るロウとジャック。一方、ミスターの密会相手がDTI社長・テイラーであったことで、カミールはミスターに厳しい詰問を浴びせる。しかし、当のミスター本人は全くそしらぬ振り。そして、その話を聞いたジャックは激しい動揺を隠しきれないでいた。

ノエルの王位継承認定式が近付く中、ミスターとジャックがクラウドハウスから消え、雲散霧消状態のクラウド7。そんな中、衣装合わせを行うノエルの警護についたロウ。その任務を果したかにみえたロウへ「ノエルを預かった」と告げる不気味な声。そしてジュード・マクマナスと名乗る人物がロウへ戦いを挑んでくる！

王位継承認定式当日。美しいドレス姿のノエル。その周囲に付き従うエージェント達の中に、ジャックとロウの姿はなかった。ノエルが王位継承を認定される12月24日午前0時は刻々と近づく。そして全世界が見守る中、ノエルが王宮の壇上で宣誓を始める。15年の鐘音が“願いのとき”を告げた瞬間、一体何が起るのか！

全世界がそこで起きた事実に目を、耳を奪われた。荘厳な鐘の音とともに15歳のノエルが導く。ロウを、ジャックを、そしてミスター達を―。全ての群像がそこに終結し、そこには「二人」が居る―。