遊☆戯☆王ZEXAL （ドクター・フェイカー編）

未来のデュエル・チャンピオンを目指す九十九遊馬は、「かっとビング！」を合言葉に、自分の可能性を信じて何事にも挑み続ける元気な少年。しかし、肝心のデュエルの腕前は初心者レベルで、連敗記録のチャンピオンになりつつあった。ある日、悪友・鉄男のデッキが学校一の不良・シャークに奪われてしまう。恐れず果敢に立ち向かう遊馬だったが、お守りとして大切にしていた「鍵」を壊された上に全国大会レベルの腕前をもつシャー…

デュエル中、突然遊馬の前に現れた謎の生命体。彼は自らを「アストラル」と名乗り、デュエルの助言をしてくるが、自分流を貫く遊馬は全く聞く耳を持たない。しかも敵シャークのナンバーズ・モンスター「リバイス・ドラゴン」の猛攻はやむことを知らず、ますますピンチに追い込まれる。しかし、遊馬は勝負を諦めない強い心をもって、反撃するべく立ち向かう…!!

シャーク戦以来、遊馬とアストラルは離れることができず、嫌々ながらの共同生活が始まった。そんな時、遊馬の姉・明里のパソコンがクラッシュし、大切が原稿が消えてしまった！パニック状態の明里に、代わりになるスクープを見つけるよう命じられる遊馬。街に出ると、信号機は止まり、自動販売機から缶ジュースが勝手に飛び出し…街中も大パニックだった。街を混乱させる原因となったのは、コンピューターウィルス。これはいった…

街を混乱させた犯人は、遊馬の担任・右京先生だった！デュエルで勝負をする2人だが、「No.３４　伝算機獣テラ・バイト」をエクシーズ召喚する右京先生に追い詰められる遊馬。アストラルは、遊馬がライフを削られるごとに姿が薄く消えかけていく。しかも、右京によって仕掛けられたウィルス爆弾の爆発まであとわずか…！この絶体絶命のピンチに、遊馬は右京先生にデュエルで勝利しることができるのか!?

遊馬に近づく怪しい影…その正体は、常に言葉の裏を読もうとする徳之助。ある朝、遊馬は学校で、身に覚えのないイタズラでクラス中から責められる。それが原因で独りぼっちになってしまう遊馬に「デュエルをしよう」と優しく声をかけてきたのは徳之助だった。直前に手に入れた初のモンスター・エクシーズ「ベビー・トラゴン」を手に、喜んでデュエルに応じる遊馬だったが、徳之助はどうやら何かたくらんでいるようで…。

徳之助にホープを奪われてしまった遊馬、それが原因で消えかかるアストラル。一方、ホープを奪った徳之助は、ナンバーズの強大な力にとりつかれていた！なんとかNo.17リバイス・ドラゴンを召喚して応戦しようとする遊馬だが、徳之助の罠カードによってリバイス・ドラゴンまで奪われてしまう！またもやピンチとなった遊馬のフィールド、そこには切り札となる意外なモンスターがいた…！

遊馬と行動をともにし始めて少し経った頃、アストラルはTV番組のヒーローに夢中になっていた。その名は「異次元エスパー・ロビン」。アストラルは自分と同じ「異次元」からやってきたロビンに親近感を覚えていた。ある日、ロビンの撮影がやってくると街中が大騒ぎ！アストラルと小鳥にせがまれ撮影現場にやってきた遊馬は、ロビンを演じている子役・風也に出会う。しかし風也は、みんなの憧れのヒーロー・ロビンとは似ても似つ…

街を混乱に陥れたロビンを語る謎の人物…、その正体は風也だった。風也の暴挙を止めるため、遊馬ｖｓロビンのデュエルが始まった。ロビンはNo.83ギャラクシー・クイーンをはじめ、続々とモンスターを召喚し遊馬に襲いかかる。しかし、そのモンスターはＴＶ番組に登場するキャラクターそのもので、アストラルにはその効果が手に取るようにわかっていた。ギャラクシー・クイーンに操られるロビン、その姿は風也とその母そのも…

遊馬に忍び寄る怪しい影…、近頃遊馬は誰かに狙われているようだ。その正体は遊馬のクラスの目立たない少女・キャットちゃんだった！キャットちゃんの罠にはまった遊馬と小鳥。捕われた小鳥を救うため、デュエルで対決することに。アストラルも不気味な雰囲気に警戒するほどのキャットちゃん、繰り出す戦略はまるで「化け猫デッキ」！　彼女の目的とはいったい!?

これまでのデュエルの勝利は、アストラルのおかげだと言われた遊馬は、自分の実力を証明するため、シャークと再び戦うことに！　デュエルはやめたと言って、なかなか応じないシャークだったが、遊馬に根負けし、ついに２人のデュエルが始まる。ナンバーズを持たないシャークに対し、自分もナンバーズを使わずに挑むと宣言する遊馬だが!?

シャークとのデュエルを終え、自分の迷いを打ち消すようにデュエルに打ち込む遊馬。一方、「自分の居場所」へ戻ったシャークは、不良仲間と悪事に手を染めようとしていた。それを知った遊馬はシャークを止めるため、最強と恐れられる陸王・海王の不良２人を相手にデュエルを挑むが、シャークは２対２で戦う「タッグデュエル」を提案するのだった…！

No.（ナンバーズ）61ヴォルカザウルスの圧倒的な力を前に追い詰められる遊馬は、残り少ないLPを守るため、自らを犠牲にしてシャークを守る。絶体絶命の状況の中、遊馬の熱い想いを感じたシャークは、１枚のカードを遊馬に託す…!!

ある事件を追っていた遊馬とアストラルは、「ナンバーズ・ハンター」の存在を知る。まだ見ぬ存在に警戒するアストラルだが、遊馬は気にするそぶりもない。そんな２人のまわりで不思議な現象が起きる。それは紛れもなく、「ナンバーズ・ハンター」を名乗るカイトの訪れを示すものであり、その瞬間ナンバーズを賭けた危険なデュエルが始まった！想像をはるかに超えるカイトの力に、遊馬とアストラルは成すすべもなく…!?

たった１ターンの間に、２体ものNo.（ナンバーズ）を召喚したカイト。遊馬はこの猛攻を必死に耐えようとするが、瞬く間にフィールドのモンスターを全滅にまで追い込まれてしまう！さらに余裕のカイトは、これまでに見たこともない最強モンスター「銀河眼の光子竜」を召喚！この戦いに負ければナンバーズを奪われるのみならず、アストラルの存在すら消滅してしまう…！この状況を打破するためホープを召喚する遊馬に勝機は訪れ…

カイトの力をまざまざとみせつけられ、自分たちの無力さを知った遊馬とアストラルは、なかなか立ち直れないでいた。そんな時、遊馬は祖母からお使いを頼まれる。行く先である「決闘庵」では六十朗という謎の老人とともに「ブラック・マジシャン」をはじめとする伝説のモンスターの木像が、遊馬たちを待ちかまえていた！強くなりたいと願う遊馬に課せられた修行とは…!?

六十郎に反発する元弟子・闇川とのデュエルが始まった！闇川の繰り出す忍者モンスターに追い込まれる遊馬だが、モンスターという仲間の力を信じ、必死の攻防を続ける。しかし、ついに闇川は切り札であるナンバーズ・モンスター「機甲忍者クリムゾンシャドー」を召還するのだった！「仲間の力を信じる」という遊馬の思いは、このデュエルを勝利へと導くことができるか!?

アストラルとナンバーズに興味をもった小鳥たちは「ナンバーズ・クラブ」を結成する。ナンバーズの情報を得るため、占い師の館を訪れるが、その占い師はカイトの下でナンバーズを収集しているという者だった！捕らわれた小鳥たちを救うため占い師・ジンに対峙する遊馬とアストラルだが、カイトとのデュエルの記憶がよみがえり、その幻影に苦しめられるのだった…！

小鳥たちを救うため、ナンバーズを懸けてジンと戦う遊馬。遊馬のＬＰが減る度に、小鳥たちの命も危険にさらされる状況で、ジンは追い討ちをかけるように２体目のナンバーズを召還する！絶体絶命のピンチの中、カイトの影に怯えていたアストラルは、あきらめない遊馬の姿を見て闘志を取り戻す！そんな２人の気持ちにより、ホープは新たな力を手にするのだった!!

両親の形見として大切にしている「皇の鍵」をなくしてしまった遊馬。アストラルとともに懸命に探すものの、なかなか見つからない。そんな中、「皇の鍵」と遊馬の父の関係に興味をもったアストラルに、遊馬は自分が小さかった頃の様々な父との思い出を語り始める。遊馬のあきらめない心「かっとビング！」は、父とのある約束から生まれたものだった。

男にとりついたNo.96ブラック・ミストを無事回収した遊馬。しかし、そのデュエルを見ていた鉄男は、遊馬の戦略の荒さを忠告し、ケンカになってしまう。数日経ってもうまく仲直りできない２人だったが、突然No.96はアストラルそして遊馬を次々と飲み込んでしまう!!No.96から遊馬とアストラルを救うため、鉄男は初めてのNo,戦に挑むのだった！

下校中、１台のオボットに出会う遊馬たち。故障したそのオボットを修理すると、たちまち遊馬たちに懐き、デュエルをするまでに友情を深めていった。しかし突然、遊馬の前から姿を消すオボミ。彼女はある事件の犯人に操られていたのだ。遊馬はデュエルで戦うことで、かつてのオボミの記憶を取り戻そうとするが!?

ナンバーズのハンティングを続けるカイトは、遊馬の「皇の鍵」の不思議な力に目を付け、奪おうとする。しかし、シャークによって行く手を阻まれ、ついにカイトとシャークはデュエルで対決する!!強力なフォトン・モンスターを駆使するカイトと、ナンバーズを持たずに緻密な戦略で立ち向かうシャーク。２人の激闘の行方は!?

皇の鍵とアストラルを奪われた遊馬は、クラスメイトと協力し、カイトの行方を追っていた！一方、「皇の鍵」を手に入れたカイトは、ついに鍵の中への侵入に成功する。カイトと対面したアストラルは、ナンバーズを守るためカイトとのデュエルを決意する。カイトの戦略に愕然とするアストラル、しかし遊馬の存在が彼に勇気を与えるのだった…！

ギャラクシーアイズの力に成す術もないアストラルだったが、「かっとビング」を胸に、必死の攻防を続けていた。しかし容赦なく攻め続けるカイトの前に絶望を見たその時、遊馬が姿を現す。そして二人の想いが一つになった時、新たな力によるエクシーズ召喚に成功するのだった！「ZEXAL」と呼ばれるこの無限の力でカイトに挑む二人、この戦いの行方は思いもよらない方向へ！

ある朝遊馬が目覚めると、あたりは不思議な光に包まれ、時が止まっていた。そして空に輝く３つの太陽…、これはナンバーズに関する危機を知らせるものなのか!?まだ見ぬ恐怖を感じるアストラルとともに、遊馬は原因究明に走る。ちょうどその頃、カイトはナンバーズの情報を得るため、フォトンの力を使いアストラルの記憶を辿っていた。

世界中のデュエリストが熱き闘いを繰り広げる「ワールド・デュエル・カーニバル」の開催が近づいた。遊馬も自分の夢である「デュエル・チャンピオン」という自分の夢をつかむため、これから始まる戦いに意気込んでいた。ところが、ＷＤＣ参加証「ハートピース」が馬には届かず大ピンチ！一方、ナンバーズを追い求めるカイトやMr.ハートランドも、開幕に向けて着々と準備を進めていた。

遊馬ＷＤＣ初戦の相手は、サッカー少年・国立カケル。カケルのフィールド魔法によって、辺りはスタジアムに変化し、いよいよデュエルキックオフ！「オフサイド・トラップ」をはじめとする、カケルの見事な戦略に手も足も出ない遊馬。しかし、仲間モンスターとのチームプレーで必死の攻防を続ける遊馬に対し、カケルは自分一人の力でこのデュエルに勝利しようとするのだった。

次なる対戦相手を探す遊馬は、工事現場で建設重機大好き少年・油圧ショーベェに出会う。ショーベェが操る重機デッキに興味津々の遊馬は、さっそくデュエルを開始する。重機デッキのパワーに圧倒されつつも、立ち向かう遊馬。しかしショーベェは強大な攻撃力をもつモンスターエクシーズ「重機王ドボクザーク」を召喚し、更なる追い討ちをかける！

遊馬の命を狙う謎の人物…、その正体はアンナという少女だった。彼女は遊馬へ復讐を果たすためデュエルを申し込んでくるが、遊馬にはアンナの記憶そのものがなかった。しかも、アンナの繰り出す鉄道デッキは、どれもパワー全開、脅威的な攻撃力で遊馬に襲い掛かる!!　アストラルすら予測不可能なデュエルに打つ手もない遊馬だったが、そんなアンナの戦略にはある弱点があり…!?

ＷＤＣ開催中、お腹をすかした遊馬に食べ物を与えてくれたのは、野菜作りに命を懸ける矢最豊作だった。すぐに意気投合したが、ＷＤＣでの優勝を目指す2人はデュエルで戦うことに。しかも今回の特別ルールは、攻撃する度に野菜を一つ食べなくてはいけない「野菜デスマッチ」！しかしこのデュエル、遊馬にとってとんでもない試練が待ち受けていた！

ＷＤＣ開幕中、美術館からナンバーズが盗まれた！犯人の名はチャーリー、明里どころか父・一馬とも知り合いだという。明里の命令でチャーリーに接触した遊馬とアストラル。チャーリーは盗んだ「No.7」の威力を確かめるため、遊馬のハートピースを勝手に賭けてデュエルを始めてしまうが、遊馬とアストラルが目にしたのは「No.7」のもつ強運を味方にした、ワンターンキルだった！

逃亡するチャーリーを乗せたモノレールで、ナンバーズをかけた遊馬のデュエルが始まった。しかし、チャーリーの切り札「No.7 ラッキー・ストライプ」の強運は凄まじく、ダイスを振れば大当たり、みるみるうちにチャーリーのライフポイントは10万という想像を絶する数値になっていく…！強運を止める策もなく諦めかけたその時、遊馬はとんでもない作戦に打って出る！

ＷＤＣ2日目が始まった！いつも以上にはりきる鉄男と委員長、なんと極東エリア・チャンピオンのⅣ（フォー）との対戦が決まったのだ。２人によると、紳士的なⅣのデュエル美学は尊敬に値し、多くのデュエリストの心を掴むという。遊馬とアストラルが見守る中、Ⅳvs鉄男・委員長のタッグデュエルが始まると、誰も知らないⅣの素顔があらわになっていくのだった…!!

不気味なナンバーズを操り、鉄男と委員長を地獄に追い詰めたⅣ。そこに。Ⅳへの復讐に燃えるシャークが現れるが、弟Ⅲが立ちふさがりⅣは姿を消してしまう。そしてシャークvsⅢのデュエルが始まる。ナンバーズを持たないシャークだが全く臆することなく見事な戦略を見せるのだった。しかしこのデュエル、シャークの決闘者としての運命を左右する罠が仕組まれていた。

Ⅳへの復讐に燃えるシャークを止めようとする遊馬だが、その想いは届かず、苛立ちを隠せない遊馬はアストラルと小鳥に当たってしまう。そんな時、未来が見えるというカメラマン・秀太が現れ、多くのデュエリストを恐怖に陥れていた。しかも秀太が写した写真には、小鳥が大事故にあう未来が写っていた！危険な未来を変えるべく、遊馬はナンバーズに心を支配された秀太とのデュエルに挑む！

秀太とのデュエルに劣勢の遊馬。しかも、小鳥が事故にあうという危険な未来は刻々と近づいていた。そしてついに秀太が操るNo.25「フォーカス・フォース」が現れる。ホープを呼ばなければ勝てない、しかしホープを呼べば遊馬はこのデュエルに負けると予言されいる…！絶体絶命の状況下、遊馬は自らの手で未来を掴むべく、思い切った作戦に出る!!

WDCの予選２日目がスタート！出遅れた徳之助は、得意の悪知恵でハートピースを集めようとするが、大会運営委員のドロワ＆ゴーシュに見つかってしまう！大会のルールを破った者は、この２人とのデュエルに勝たなければ失格になってしまうという。恐怖におののく徳之助を見て、遊馬は自分が身代わりとなり、この１vs２の変則タッグデュエルを受けようとするのだった!!

WDC大会運営委員ドロワ＆ゴーシュと戦う遊馬。一方、アストラルは「皇の鍵」の中でNo.96による危機に遭遇していた！アストラルが不在のためNo.39希望皇ホープが召喚できず、守備を固めるだけで精一杯の遊馬…、しかしアストラルの強い願いによりホープが姿を現す！アストラルとの絆を胸に、逆転を狙う遊馬だったが、この瞬間、ドロワ＆ゴーシューによるナンバーズ狩りが始まるのだった…!!

予選を勝ち抜いている遊馬とキャットちゃんは、お互いの健闘ぶりを称えあっていた。そんな時、遊馬のハートピースが野良犬に奪われてしまう！遊馬以上に必死に追いかけるキャットちゃんを待ち構えていたのは犬の集団だった。ついに史上初、猫VS犬のデュエル開始！猫や犬の特徴を活かしたデッキで激闘を繰り広げる中、忠吉の陰から謎の決闘者・ドッグちゃんが姿を現すのだった…!!

弟・ハルトの病気を治すため、過酷なナンバーズ・ハントを続けるカイト。疲れ切った兄を見たハルトは何かを求めハートランドを抜け出し、偶然にも遊馬とアストラルに出会う。なんとハルトにはアストラルが見えていて、その名前にも覚えがあるようだった。衝撃を受けたアストラルの強い希望によって、ハルトを九十九家に連れて行く遊馬だったが…!?

ハートランドシティをさまよっていたハルトは、後を追う遊馬の前で謎の男とともに姿を消してしまう。その場に駆け付けたドロワ＆ゴーシュにハルト誘拐の疑いをかけられる遊馬だったが、カイトによってその場を救われる、ハルトの行方を追い、新たな敵トロンの城に潜入する遊馬とカイトの前に、シャークの復讐相手Ⅳ（フォー）とその弟Ⅲ（スリー）という強敵が立ちふさがり!?

ハルト救出のため、遊馬とカイトはタッグを組みⅣとⅢのデュエルに挑む！その頃トロンは、ハルトの能力を吸収するため謎の儀式を始めるのだった。先を急ぐカイトは独自のデュエルを貫き攻める一方だが、遊馬はカイトのダメージを防ごうとサポートに徹する。そして勝負を決するべくカイトは銀河眼の光子竜を召喚するが、敵のナンバーズに力を封じられてしまう…！

トロンの儀式によって奪われていくハルトの力。一方、遊馬とカイトはⅣとⅢのナンバーズに対し、必死の攻防を続けていた。ⅣとⅢの戦略は凄まじく、さすがのカイトも劣勢の気配を見せ始めたその時、ハルトの想いによってカイトは新たな力に覚醒する!!フィールドに現れた史上最強のモンスター、それは兄弟の強い絆が生み出した「超銀河眼の光子龍」だった!!

記憶を取り戻したいアストラル、ハルトの病気を治したいカイト、ナンバーズを求める２人の間で、遊馬は自分が何をするべきか悩んでいた。そんな時、Ⅴから父・一馬が生存している事を聞き、嬉しさのあまり居ても立ってもいらなくなった遊馬は、父が目指した「世界の果て」にひとり旅立とうとする。そこへ、かつて「決闘庵」で出会った師匠・六十郎が姿を現し…!?

ＷＤＣ予選３日目。最終日にして決勝トーナメント出場までに必要なハートピースがあと１つとなり、ピース集めに必死になっていた遊馬は、偶然あるデュエルに遭遇する。それはかつて遊馬と戦った「異次元エスパー・ロビン」こと風也と、大会運営委員を退きデュエリストの姿となったゴーシュの戦いだった！デュエルへの想いをぶつけ合う２人は、見る者の心までも熱くする攻防を繰り広げる!!

タッグデュエルを通し、遊馬のデュエルに興味をもったⅢ。そんな頃、遊馬は復讐に染まったデュエルを繰り返す凌牙を目撃し、再び２人は対決することに。大ダメージを受けながらも、凌牙の復讐を止めるために必死で立ち向かう遊馬。それを観察していたⅢは、自分とのデュエルの違いに衝撃を受ける。デュエルを終え家に戻った遊馬を待っていたは、なんとⅢだった！彼の目的とは!?

笑顔が消えた自分の家族を取り戻すため、Ⅲは自らを強化し、遊馬とのデュエルに挑む！遊馬はそんなⅢの本当の気持ちを知るため果敢に立ち向かう。古代都市へと姿を変えたフィールドで、早くもNo.33 超兵器マシュ=マックを召喚するⅢ、一方遊馬もアストラルとともに必死の攻防を続ける。しかし、新たなる力を得たⅢは、遊馬を闇の世界へと誘うのだった!!

Ⅲの力により「かっとビング！」を忘れてしまった遊馬。かつての遊馬にはない悲しみだけが広がり、戦う気力も失われてしまった。一方のアストラルもⅢによって捕われの身となり、身体だけではなく心までも離れてしまった２人は絶望的窮地に追い込まれる。この状況を打破しようとするアストラルだったが、遊馬への最後の希望を残しついに消滅してしまうのだった！

「かっとビング！」を取り戻した遊馬は、アストラルが残したホープ、ホープレイと共に劣勢を逆転しようとするが、悪魔と化した強敵Ⅲの前では全く歯が立たない。Ⅲが家族のために得た新たな力は、自分ですらも抑えることができないほど凶暴化し、この世界を破滅へと導く…！アストラルを失った遊馬には、デュエルで起こす奇跡しか生きる道は残されていなかった。

決勝トーナメントへの出場が決まり、絶好調の遊馬。そんな時、Mr.ハートランドが主催するパーティーの招待状が届く。小鳥たちと会場に乗り込んだ遊馬を待っていたのは、カイトや凌牙、そしてⅣ・Ⅴといったいずれ戦うであろう強敵たち。決闘者たちは、それぞれのデュエルに懸ける想いを再確認し、戦いへの意気込みを新たにする！そしてついに悪魔の首謀・トロンが姿を現わす!!

予選を勝ち抜いた最強デュエリストたちが、デュエル・コースターに乗り込む！次なる対戦相手はこのコースターの行方次第。遊馬も意気込み新たにスタートを切ろうとするが、肝心のハートピースを忘れてしまうというとんでもない凡ミスを犯してしまう。遅れをとり焦る遊馬だが、その背後には思わぬ刺客が迫っていた。

「フォール・ガイズ」という謎の賞金稼ぎに襲われる遊馬。相手の３人の強力なチームワークは、容赦ない攻撃を遊馬に浴びせる。コースターをレーンチェンジさせ難を逃れようとするが、３人のフォーメーションに動きを固められ絶体絶命の大ピンチ！そんな遊馬を救ったのは、鉄道デッキを操る「アイツ」だった！

デュエル・コースターは次のステージで一騎打ちとなる相手を決める地下セクションへ。デュエリストたちは、それぞれの敵に狙いを定め、コースターのスピードを上げる。遊馬はこれからの闘いに備え、ギリギリまで削られたLPを取り戻そうと、罠ポイントで一か八かの賭けに出る！一方カイトは、弟ハルトを苦しめた憎き悪魔トロンのコースターを追うが、そこに思わぬ邪魔が入ってしまう。

カイトの身を案じたドロワは、トロンをジャングルフィールドに誘い込み、8,000のLPでデュエルを挑む！ドロワが操る蝶デッキにはこの上なく好都合なこのフィールド効果は、トロンのLPを徐々に蝕んでいく。「カイトを守る」その誓いを胸に、攻め続けるドロワ。しかし、そんなドロワの気持ちをあざわらうかのように、静かにトロンの反撃が始まる…！

ドロワの想いを伝えようと、カイトのもとへ急ぐ遊馬。その頃カイトは、敵方であり、かつての師であるⅤとのデュエルを始める。早くもNo.9 ダイソン・スフィアを召喚するⅤ。しかし召喚したはずのダイソン・スフィアは姿を現さないばかりか、攻撃すら届かない。まだ見ぬ敵に苦戦するカイトに追い討ちをかけるかのように、ⅤはトロンとDr.フェイカー、そして一馬の過去を語り始める。

圧倒的な能力を誇るダイソン・スフィアに対し、必死の攻防を続けるカイト。しかし、エースモンスター「銀河眼の光子竜」の攻撃さえ歯が立たず、更なる窮地に追い込まれる。遊馬、カイトそしてⅤ、それぞれの家族への想いが複雑に交差するこのデュエル、闘いの行方は未来へと進もうとする者が手にする運命のカードにかかっていた。

遊馬たちが見守る中、ついに凌牙とⅣの闘いが始まった。互いにナンバーズを召喚し、それぞれの復讐に燃える2人のデュエルは、ターンを追うごとに激しさを増していく、しかし、Ⅳが繰り出したNo.「ヘブンズ・ストリングス」が驚異の猛攻撃を見せ、凌牙は大ダメージを受け、倒れてしまう…！トロンの野望が渦巻くフィールドで、このまま凌牙の想いは断たれてしまうのか!?

全ては復讐のため…闘志に燃えたぎるⅣが痛恨のプレイングミス。フィールドに現われたトロンの幻影に追い詰められさらなる狂気に満ちていくⅣは新たなNo.「ディスティニー・レオ」を召喚する！オーバーレイ・ユニットが０となったとき、勝利を手にする圧倒的効果をもつモンスターを前に成すすべもない凌牙。その時、凌牙の心の中に突き刺さったあの「爪」がうずき始めるのだった。

決勝トーナメントも大詰め、デンジャラス・キャニオンのフィールドに降り立った遊馬とゴーシュ。自分のデュエル魂を呼び起こした遊馬のかっとビングに魅せられ、念願の戦いに闘志を燃やすゴーシュ。一方、遊馬は何としても次のステージに進むため守りを固めるのだった。そんな遊馬に失意を覚えたゴーシュは、遊馬の真のデュエル魂を取り戻すため、全身全霊のデュエルを仕掛ける！

決勝ステージに無事勝ち上がった遊馬だったが、大切なデッキを失くしたことに気付き大騒ぎ！遊馬と仲間たちはデッキの在りかハートランドへの潜入を決行する。その時、ハルトの気配を感じたアストラルは遊馬とともにその部屋へ向かう。眠ったままのハルトと再会を果たした遊馬だが、そこに現われたのはカイトとハルトの父であり、ハートランドの創設者Dr.フェイカーだった！

Ⅳとの決闘で、CNo.（カオスナンバーズ）シャーク・ドレイク・バイスという新たなる闇の力を手にした凌牙。そんな凌牙の身を案じる遊馬だが、ついに２人の決戦の日が訪れた。しかし、遊馬の前に現れた凌牙はトロンの紋章の力に操られ、憎き復讐の相手を遊馬だと信じ込んだ凌牙は、自らの手で復讐を遂げるべく猛攻をしかける！

トロンに心を支配された凌牙を救おうと、猛攻に耐え勝機を待つ遊馬。Dr.フェイカー、トロンといったこの哀しき戦いの首謀者が見守る中、彼らの思惑通り、ついに凌牙のフィールドに「シャーク・ドレイク・バイス」が召喚される！その力に圧倒されつつも、凌牙の心から消されてしまった絆を取り戻すため、遊馬は希望皇ホープを召喚し無謀ともいえる策に打って出る！

準決勝2回戦、カイトとトロンの決闘が始まる。トロンの心はDr.フェイカーへの復讐心で満たされ、その息子カイトへとぶつけられた。序盤から銀河眼（ギャラクシー・アイズ）を召喚し、トロンに猛攻をしかけるカイト。しかしトロンの不気味な微笑みが止むことはなかった。「復讐」という名にふさわしいトロンの卑劣な戦略は、カイトだけにとどまらず、その弟・ハルトにまで及んでいくのだった…！

卑劣な手段でデュエルを進めるトロン。カイトを案じた遊馬は、ハルトのもとに駆け付け、トロンとのつながりを断ち切る。怒りに満ちたカイトは、ついに超銀河眼の光子龍を召喚！一気に形勢逆転を狙うが、トロンにも更なる切り札が…！カイトとハルトの兄弟の絆は、悪魔の復讐に打ち勝つことができるのか…。

数々の激闘が繰り広げられてきたＷＤＣもついに決勝戦。何人もの人間を犠牲にしてきた悪魔・トロンを野望を止めるため、遊馬は仲間たちの熱い期待を胸に、決勝戦が行われる「スフィア・フィールド」に立つ！No.（ナンバーズ）の力を最大限に引き出すというこの「スフィア・フィールド」で、遊馬vsトロンの最後の死闘がついに幕を開ける！

ナンバーズによる激闘が繰り広げられる中、ついにトロンがNo.69紋章王コート・オブ・アームズを召喚する！カイトの力でも及ばなかったこの自らの復讐の化身ともいえるモンスターを従え、ついにトロンが仮面を脱ぎ、その正体をさらし本領を発揮する！死闘というにふさわしいこのフィールドで、遊馬とアストラルも心をひとつに、ゼアルの力で立ち向かう。

ZW（ゼアル・ウェポン）の攻撃さえもトロンにかわされてしまった遊馬とアストラル。トロンが操るナンバーズ「コート・オブ・アームズ」の攻撃は勢いを増すばかりで、ついにはホープレイの効果までも奪われてしまう！トロンに追い詰められ、いよいよ絶体絶命となったその時、決して諦めない遊馬の想いが、このデュエルに奇跡を呼ぶ…!!

WDCでの闘いを終えた遊馬たちを待っていたのは、これまでの悪事の根源・Dr.フェイカーだった！フェイカーは、ナンバーズの力を使い、「スフィア・フィールド砲」でアストラル世界を破滅に導こうとしていた。スフィア・フィールドの中で苦しむ遊馬とアストラル、捕われたハルトを救おうとするカイト、そして遊馬を救おうとする凌牙の新たな戦いが始まるのだった…！

スフィア・フィールド砲に捕われたアストラルとハルトを救うため、遊馬、カイト、凌牙の３人がDr.フェイカーにデュエルで挑む！開始早々、自らが最強と豪語する「No.53偽骸神（ぎがいしん）ハートアース」を召喚するフェイカー。恐れることなく斬りかかるホープだったが、この攻撃をきっかけにハートアースは真の恐怖デュエルが幕を開ける！

遊馬、カイト、凌牙の激闘の末、倒したはずのフェイカーが新たなナンバーズを召喚する！このモンスターの激しい攻撃の前に、３人のライフポイントはどんどん削られていき、アストラルの体も消え始めていくのだった！絶体絶命の中、３人はそれぞれのエース・モンスターを召喚し必死の攻防を続けるが、それをあざ笑うかのようにフェイカーの猛攻は激しさを増すばかりだった！

遊馬、カイト、凌牙、この戦いを通して生まれた3人の絆が、ついにDr.フェイカーのNo.「Heart-eartH Dragon（ハートアース・ドラゴン）」を撃退！しかし喜びもつかの間、モンスターが復活するだけでなく、フェイカーの体は何者かにのっとられ最強の力を得ていた…!!　そして遊馬たちは、このフェイカーを操る者の正体を知り、驚愕するのだった。彼の目的とはいったい…!?

ＷＤＣ全ての闘いが終わり、残るは遊馬の願い「カイトとのデュエル」のみとなった！華麗な戦略を魅せるカイト、そして勝つことを信じ、全身でデュエルを楽しもうとする遊馬。ところがそんなカイトの表情にはいつものデュエルに対する情熱、激しさが感じられない。まるで輝きを失ったようなカイトに遊馬とアストラルは…！

カイトの心の奥底に眠る葛藤を解き放った遊馬。２人は息をつく暇もないほどの激しいデュエルを展開し、それぞれのエースモンスターとともに全身全霊でぶつかりあうデュエルが続く。結末が見えない闘いの中、フィールドには奇跡ともいえる光景が広がるのだった!!　勝つか負けるか、そしてこのデュエルの先に待つものとは…。