コヨーテ ラグタイムショー

統合局捜査官：アンジェリカ・バーンズは、極秘任務でサンドウィル刑務所を訪れる。昨晩、男の声で匿名の電話があったのだという。―「サンドウィル刑務所に『ミスター』現れる。」そんな時、刑務所に『爆弾を仕掛けた』との電話が入って・・・。

サンドウィル刑務所爆破事件後、アンジェリカは、１０日で釈放される予定だったミスターが、あえて脱獄したのには何か差し迫った理由について思案していた。一方作戦を成功させたミスター達の乗るコヨーテ号は一路、ならず者のあつまる『海賊亭』と向かう。

亡き父：海賊王ブルースのペンダントを胸に、フランカはコヨーテの一員となった。<br />ペンダントは＜ブルースの遺産＞の謎を解く鍵。意気揚々と遺産を求め、宇宙の海原を航行していたが・・・。

航行中のコヨーテ号の中で、ミスターはペンダントの秘密をメンバーに説明し始める。ブルースが愛娘フランカに残したペンダント。その中身は彼の義眼に埋め込まれた記憶チップ。その記憶チップの中の映像には、信じられない光景が映し出された・・・。

コヨーテ達を狙い、マルチアーノ・１２姉妹の追跡と策略が進む中、アンジェリカ・チェルシィは、１２姉妹の一員：メイを捕らえ事情聴取をしていた。一方コヨーテ号の中では平穏な時間が流れていた。遺産を求めるこの旅が終わったら、また一人ぼっちに戻ることに、寂しい気分になるフランカ。泣いても笑っても後５日で、＜ブルースの遺産＞と共にグレイスランドは消滅するのだ。

突如マルチアーノ艦隊から攻撃を受けるコヨーテ達。応戦すべくカタナとミスターがコヨーテ号に乗り込む。一方１２姉妹それぞれが乗り込む戦闘機＜ギルドスカイ＞が発進！容赦ない１２姉妹の攻撃がコヨーテ達に迫る！！

惑星グレイスランドへの光子爆弾投下残り3日を切った。このままでは、隠されたブルースの遺産も粉々になってしまう。コヨーテたちはその光子爆弾の発射を引き延ばし、遺産回収計画を練る。一方ペンダントを手にしたマルチアーノたちが、ついに惑星グレイスランドに降り立ってしまった！！

マルチアーノ１２姉妹は二手に分かれ、遺産が眠る金庫＜ギガバンクス＞探索、そしてジュピターでの光子爆弾発射阻止に動いていた。その頃、アンジェリカ・チェルシィ・１２姉妹の一人：メイはコヨーテたちを追って、惑星グレイスランドをさまよっていたが・・・。

マルチアーノ１２姉妹たちの１班は遺産が眠る金庫＜メガミンクス＞探し、もう１エイプリル＆三つ子をジュピターへ送り、光子爆弾発射阻止せんと動いていた。その頃、アンジェリカ・チェルシィ・１２姉妹の一人：メイはコヨーテたちを追って、惑星グレイスランドをさまよっていたが・・・。

ゴッドウイングの地下深くには、本物の光子爆弾が不気味に潜伏している。そしてギガバンクスも・・・。そうとは知らないマルチアーノ艦はゴッドウイングに停泊し、アンジェリカとチェルシィを捕獲していた。そんな中着々とコヨーテたちはギガバンクスに向け、進路を進めていた！

マルチアーノ艦から救出されたアンジェリカとチェルシィ。アンジェリカはミスターに自分の気持ちを知られてしまい複雑な気持ち。だがひとりでも多くの人を脱出させるべく、彼女たちは住民の惑星脱出誘導を開始する。惑星グレイスランドの消滅が近づく―――そしてコヨーテＶＳマルチアーノたちの最終決戦も同時に近づいていた・・・。

ついにミスターとマルチアーノの一騎打ちが始まった。激しい戦いを繰り広げる中、光子爆弾の発動まで残り２時間を切ってしまった。果たして惑星グレイスランドの崩壊を阻止できるのか？！ブルースの遺産はいったい誰の手に！？・・・そしてコヨーテ達の運命は？！