BLUE SEED 2

「荒神」との戦いから二年…。突如サンフランシスコに荒神が出現した。さらに、日本にも現れた荒神が国土ビルを破壊、その騒ぎで室長の国木田は重傷を負ってしまう。荒神の源であるスサノオの魂が眠りに就いているにも関わらず、荒神はなぜ活動を再開したのか…？ 国土管理室の新たな戦いの火蓋が切って落とされた!!

敵の本拠地、サンフランシスコに乗り込んだ杉下以下、新生国土管理室の面々と草薙は、早速アメリカ海軍の協力を得て荒神との戦いを開始した。だが国土のメンバーは、気まずい雰囲気の小梅と八重樫のせいか、思うような成果が上げられない。そんな中、バレンシアと草薙の関係が気にかかる紅葉は、敵に囚われてしまい…。

「ネオ荒神」との戦いを終えた国土管理室の面々は、慰安旅行で温泉に出かけた。その最中、竹内の携帯電話に謎の男から「温泉に爆弾を仕かけた」という脅迫電話が入る。温泉の水位と連動する爆弾のため、温泉に浸かっていた竹内以外のメンバーは身動きが取れない！ そこで彼女は爆弾の解体と犯人逮捕を試みるが…。