主人公、沢木惣右衛門直保は、空気中の菌が目に見えるという特殊な体質の持ち主。もやし（種麹）（※3）屋の息子である彼は、幼なじみで造り酒屋の息子・結城蛍とともに農業大学進学のため東京にやってきた。入学式当日、祖父からのメモに書かれた樹という人物に会いに行く二人。祖父と古くからの知り合いという樹は、菌について語りだすと止まらない、ちょっと奇異な老教授だった。その後、樹研究室に出入りするようになった沢木は、新たな「菌」と「発酵」の世界に触れながらも、彼を取り巻く少し変わった人たちとの出会いによって、様々な騒動に振り回されていくことに・・・。

※3 たねこうじ・・・蒸米にこうじかびを生やしたもの。日本酒の原料のひとつ。