舞台は近未来。未来のデュエル・チャンピオンを目指す九十九遊馬は、チャレンジ精神旺盛の元気な少年。「かっとビング!」を合言葉に、自分の可能性を信じて挑み続ける!しかし、肝心のデュエルの腕前は初心者レベルで、デュエル・チャンピオンどころか、連敗記録のチャンピオンになりつつあった。
ある日、遊馬の悪友・鉄男のデッキが奪われた。その犯人は、学校一の不良・シャーク。
鉄男のデッキを取り戻すため、シャークにも果敢に立ち向かった遊馬はデュエルで勝負することになる。
強力なモンスター召喚方法「エクシーズ召喚」を駆使するシャークのデュエルの腕前は全国大会レベル――、とても敵わないと弱気になりそうな遊馬だったが、気合で自分を奮い立たせる。そうだ、ここまで来たらやるっきゃねぇ!　　「かっとビングだ、オレ!!!」　
しかしシャークの猛攻に、デュエル初心者の遊馬は平凡なミスを繰り返すばかり。追い詰められたその時、いつも遊馬の夢に出てきた不気味な扉が現れる。固く閉ざされていた扉が開放された瞬間、無数の光が溢れ出し、ハッと隣を見上げると…そこには腕組みをしたデュエリストの幽霊が!?
「誰だ、お前!?」この瞬間、遊馬の新たなデュエル伝説が幕を開けるのだった!!