世界のカードゲーム人口は数億人を超え、生活の一部として当たり前のようになっていた。
『カードファイト!! ヴァンガード』。
今、世界で一番注目を集めているこのカードゲームを通じて、二人のカードファイター先導アイチと櫂トシキは、多くの仲間やライバルと出会い、大きく成長した。

穏やかな日常の中で、アイチは、絆を結んだユニット「ブラスター・ブレード」から、滅亡のふちにある惑星クレイを救って欲しいと願いを託される、不思議な夢を見る。

そんな中、立凪タクトが発表した招待制の大会「メサイア・スクランブル」にアイチと櫂が招待される。優勝賞品は、夢で聞いた救世主の名前「メサイア」のカード。
時を同じくして、世界中では、ヴァンガードのカードからユニットが消失する事件が発生していた・・・

惑星クレイの滅亡、ユニットの消失、・・・そして、招待者の前に立ちはだかる男、伊吹コウジ。アイチと櫂のタッグにとって、最も過酷な戦いが、今、幕を開ける。