幼馴染みの北条響と南野奏は元気いっぱいの中学2年生。オープン初日の巨大ショッピングモールへやって来たんだけど、一緒のはずの妖精ハミィがいない…。
オシャレなショップが沢山あって大賑わいの中、二人はやっとハミィを発見したものの、勢いあまってイベント広場で開催中の、つぼみたちのファッションショーに乱入しちゃった!?
その時、シプレやコフレの仲間のような妖精たちが空からいっぱい降ってきて、更に「おもちゃの国」のプラスティックの建物や「デザート王国」の美味しそうな巨大スイーツが次々に出現! 一体全体どうなってるの? かつてプリキュアたちが戦ってきた強敵たちも蘇り、世界を結ぶ奇跡の花・プリズムフラワーを狙って、すべてを暗黒の世界にしようと結託する!
もしもプリズムフラワーが枯れてしまったら、世界は離れ離れになり、二度とハミィたちと会えなくなってしまう!! こうなったら、プリキュア21人全員のパワーをひとつにして、巨大な闇に立ち向かうしかないッ!!!