世界中を混乱に陥れた「災いの樹」事件から数年後――。
――世界は再びの平穏を取り戻していた。

「シャドウバース」は更に人々に親しまれるようになっており、プロプレイヤーを育成する施設「シャドウバース・バトル・カレッジ」、通称シャドバカレッジが設立されていた。
中学2年生の天竜ライトは、ひょんなことからシャドバカレッジの創設者ウルフラム・ゼルガに導かれ、シャドバカレッジに転校することになる。

完全にシャドバ初心者のライトは、友達第一号・真壁スバルからの勧めで「シャドバ部」に所属することを決める。この「シャドバ部」とは、シャドウバースに真剣に取り組む生徒たちで構成された部活動であり、シャドバカレッジには7つのシャドバ部が存在していた。ライトは縁あってそのうちの一つ、「セブンスフレイム」への入部を決めるが――実は、セブンスフレイムには部員が1人しかおらず、廃部の危機にあった!

部を存続させるべく、ライトはセブンスフレイム部長の蜜田川イツキと、真壁スバルとともに、新たな部員を探すことを決意する。そんなライトたちを見つめる、怪しい影が一つ。それはシャドバ部「ファーストリーパー」部長、波瀬浦ハルマだった――。