誰ともつるまず1人孤独に喧嘩に明け暮れるヤンキー高校生・業平 猛 (なりひら たける)は、夢に何度も現れる謎の少女・ツキミヤに想いを募らせる日々を過ごしていた。

そんなある日、タケルは不慮の事故で崖から転落。
意識を取り戻すと目の前に広がっていたのは、テクノロジーが高度に進化を遂げた平安京・《電祇平安京(でんじへいあんきょう)》。そこは、最強の陰陽師・安倍晴明（あべのせいめい）が守護しており、憧れのツキミヤが現実に存在する別世界だった！

夢にまで見た運命的な出会いに舞い上がるタケルだったが、突如発生した黒い霧《闇薫（やみかおる）》の中で《怨人(おに)》と呼ばれる化け物によってツキミヤもろとも命を落としてしまう。

――しかし、次の瞬間、タケルは再び電祇平安京で目を覚ます。

やがて自身がタイムリープしたことに気づいたタケルは、ツキミヤが命を落とす未来に抗うため、安倍晴明から陰陽術を習得し、陰陽師として戦うことを決意する――！