横浜みなとみらいの街はプリキュアたちが、謎の怪物・フュージョンを倒したというニュースで、もちきり! プリキュアに憧れる女の子たちは、ポーズをマネして大ハシャギ。でも転校してきたばかりのあゆみは、ひとりぼっち。
そんなあゆみは、学校の帰りに謎の生き物と出会うの。あゆみはその子をフーちゃんと名づけて、ふたりはすっかり仲良しに。でもフーちゃんは、闇の力をもつフュージョンのカケラで、友だちのいないあゆみのために、あゆみのキライなものをどんどん飲み込んで、学校や街をめちゃくちゃに!
「こんなつもりじゃなかったのに…」あゆみの本当の気持ちを伝えるために、28人のプリキュアたちが、またまた大集結!みんなの力がひとつになった時、奇跡の光が輝くよっ!!