宇宙世紀0096年。『シャアの反乱』から3年、工業コロニー〈インダストリアル7〉に住むバナージ・リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎の少女と出会う。戦争の火種となるビスト財団とネオ・ジオン残党組織『袖付き』による、『ラプラスの箱』の取引を止めようと行動しているという彼女に対し、協力するバナージ。しかし、同じく取引の阻止のため乗り込んできた地球連邦軍と『袖付き』との戦闘により、コロニーは戦場と化してしまう。オードリーを探して戦火を走り抜けるバナージは、『ラプラスの箱』の鍵となる純白のモビルスーツ、『ユニコーンガンダム』と運命的な出会いを果たす。『ラプラスの箱』とは何か、それが抱く秘密とは何か……。宇宙世紀100年の呪いが、解かれようとしていた。