満天の星に埋め尽くされた夏の夜空、宇宙ロケットの発射台がひと際大きくそびえ立つ種子島。
その空に浮かぶ「丸い虹」を見たことをきっかけに、ザワつく胸騒ぎに突き動かされて、17歳の少年・真夏ダイチは、この南の島を訪れた。
そこで彼を待っていたのは、驚くべき出会い。
"アースエンジン"と呼ばれる白く輝く巨大ロボット、そして"アースエンジン"を通して、顔をあわせる仲間たち――地下深くで眠り続けていた小麦色の肌の少女・夢塔ハナ。
"魔法少女"を自称する天才ハッカー・夜祭アカリ。
そして、静かな物腰のなかにどこか狂気を秘めた17歳のデザイナーズチャイルド・嵐テッペイ……。
遠宇宙から地球への侵攻を企む謎の知的生命体・キルトガングに立ち向かうため、チームを結成することになる4人。
そしてダイチは、彼らとの絆を通して、自らの"キャプテン"としての才能を開花させていく。
ときに寄り添い、またときにはぶつかりあいながら綴られる、少年少女たちの"ひと夏の想い"。
決して忘れられないその想いが、美しい夜空に今、軌跡を描く。