どこにでもいるごく普通のデジモン大好き少年だったタカト。そんなタカトが見つけた青いカードは、カードリーダーを本物のデジヴァイスに変える不思議な力を秘めていた。画面に映るデジモンのタマゴ・デジタマをドキドキしながら見守るタカト。しかし次の日の朝、タカトが見たものはすでに割れてしまった空っぽのデジタマだった。
それでもデジモンの誕生を信じ、生まれたはずのデジモンを自分から探しに行くタカト。そしてタカトは、空から降りてきた光の下で夢見ていた本物のデジモンに出会う!タカトの想像したとおりの姿で生まれてきたタカトだけのデジモン『ギルモン』に。
「僕が、僕が考えたんだよ、君は……」
ギルモンと出会えたことに素直な喜びを感じ、失敗したり落ち込んだりしながらも一生懸命ギルモンの世話を続けるタカト。好奇心いっぱいの行動でときにはまわりを驚かせながらも、無邪気にタカトを慕うギルモン。そんな2人の二人三脚の冒険は今やっと始まったばかり。はたしてこれから2人をどんな事件が待ちうけているのだろうか……!?