時は2006年、四国の海運都市。陸上選手の夢を失った少女、星守明桜は親友の海添彩希とともに高校に進学。新しい友人と出会い、かつての自分を取り戻しつつあった。しかしある日彩希が姿を消してしまう。この星には、太古より続く戦いがあった。かつて神に与えられた8機の巨人〈星辰機〉。『これに乗り、百年に一度現れる〈簒奪者〉より生命の火を守れ』その言葉に従い、星辰機に選ばれた乗り手は戦い抜いてきた。それから幾星霜。全ての星辰機が斃れてから百年。次の百年を繋ぐため建造された巨大ロボット〈星辰機・デスタニア・レプリカ〉の「精神燃料」として捧げられた彩希の魂に選ばれ、明桜は全生命を守る戦いに身を投じる。彩希とともにいるために。彩希へ一歩踏み出すために。そしてもう一度、自分を信じるために。彩希の運命を奪い奇跡の熱量が爆ぜた時、存在しない9番目の巨人が目覚める。其は〈ヴァリシア〉。冥王の名を持つ白亜の巨人。