常に銀の杖（シルバーバトン）を手にし、その神秘な力と、豪壮なる笑い声は天地に響く。或るときは天高く、或るときは海中深く、また或るときは地中に潜入し人類の敵を打ち滅ぼす正義の味方。アトランティス大陸の王宮の柩の中より一万年の眠りからさめ、現代人類の危機を救う為、超人的活躍をする正義の怪人黄金バット。
日本の科学者ヤマトネ博士が一人息子のタケル少年と助手のダレオ青年を愛機スーパーカーに乗せて、飛行中海上にただよう難波船からフランス人考古学者を父にもつ天才少女マリを助け、マリーの父を探すためにアトランティス大陸に到着する。そこで古代アトランティス宮殿の柩の中からマリーの能力により黄金バットをよみがえらせる。
人類の滅亡を計る悪の科学者ナゾー一味に挑戦するヤマトネ博士と黄金バット。その危機と暗躍はいかに？