2047年、地下50,000mの神話層から金属鉱ガイメタルが発見された。ガイメタルは高純度のエネルギー金属であり、新エネルギー資源の発見とばかりに世界中で採掘が行なわれるようになった。
しかし2055年、全身をガイメタルで覆われている金属生命体「ガイスト」が出現し、人々を襲い始めた。「ガイスト」の脅威に対抗する為に、人類は世界の科学力を集結させた超国家ガイスト対策組織「ガイストクラッシャーギャリソン」(通称「GCG」)を設置した。「ガイスト」と人類の激しく熱い戦いの始まりである。