主人公ゲンキは、ゲーム大会「モンスター甲子園」で優勝し、「モンスターファーム200X]のCD-ROMを手に入れた。早速試してみようと、ゲームにディスクをセットしたとたん、なんと!ゲンキは「モンスターファーム」の世界に召喚されてしまった!そこで、ホリィとスエゾーに出会ったゲンキは、この世界が悪の権化ムーに脅かされていることを知り、ムーを倒すべく、ホリィ、スエゾー、そして、新しく生まれたモンスター・モッチーらと共に「火の鳥」の眠る、「円盤石」を探す旅に出る。
果たして、この旅の結末は・・・。そして、驚くべきムーの正体とは・・・!!