時に西暦２１９９年。苦難の航海を経て、目的地イスカンダルで〈コスモリバースシステム〉を受領したヤマトは、いままさに大マゼラン銀河を後にしようとしていた。
だが突如、大マゼラン外縁部で謎の機動部隊と遭遇する。
彼らこそは蛮勇で宇宙にその名を轟かす戦闘民族〈ガトランティス〉。指揮官はグタバ遠征軍大都督「雷鳴のゴラン・ダガーム」を名乗り、艦の引き渡しを要求してきた。
戦闘を避け地球へ急ぎたいヤマトに、突如空間を跳躍し紅蓮の炎が襲い来る。それはダガームが放ったガトランティスの誇る最新兵器〈火焔直撃砲〉の光芒だった。
間一髪、ワープでダガームの追撃を振り切ったものの、薄鈍色（うすにびいろ）の異空間へと迷い込んでしまうヤマト。ヤマトはまるで意志を持ったように舵を切ると、謎の惑星へと誘われていく。事態打開のため、古代、桐生、沢村、新見、相原の５人は惑星へと情報収集に降下する。
地表に降り立った彼らが見たものは、そこにあるはずのない[艦（ふね）]。だがその艦内には先客がいた。それは七色星団の戦いを生き残りヤマトへの復讐を誓う、ガミラスのフォムト・バーガー少佐の姿だった。彼らもまたここに迷い込み、脱出できないでいたのだ。
ヤマトの空間航跡を追ってワープしたダガームもまた、薄鈍色の宇宙へとたどり着く。ヤマトが誘われた眼前に輝く惑星こそ、彼らが探し求めていた宝の星であったのだ。邪魔なヤマトをあぶりだすべく火焔直撃砲の砲門を惑星へと向けるダガーム。果たして古代たちは閉じられた空間を脱出し、ガトランティスの包囲網を突破できるのか。
一刻も早く地球へ戻りたいヤマト、力で宝の星を求めるガトランティス、ヤマトを討たんとするガミラス―――それぞれの譲れぬ想いが交錯する。