ある日、ひとつの都市が消滅した――

一匹狼の運び屋の男タクヤと、消滅から唯一生還したと言われる少女ユキ。
ふたりは、消息を絶ったと思われていたユキの父親からのメッセージを頼りに消滅都市へと向かうことになる。

しかし、そんなふたりの前に思わぬ障害が立ちはだかる。
それはユキにとって、あまりに衝撃的な現実で――

残された人の想い、暗躍する謎の組織、そして隠された陰謀。
タクヤとユキ、全くの他人だったふたりは、旅の中で絆を深めつつ、消滅都市の謎へと迫ってゆく。