一流の忍者になることを夢見て、忍術学園に入学した乱太郎。いつも失敗ばかりだけれど、仲良しのきり丸やしんべヱ、個性的な先生や先輩たちと、とってもにぎやかな毎日を送っています。そんなある日、乱太郎はささいなことから学園長先生と言い合い、「忍者失格」と言われたと思いこんでしまいます。ショックを受け、学園を出ていく乱太郎。しかしちょうどその頃、ドクタケ城が新たな悪だくみを始めていました。森の中で乱太郎は、ドクタケを調査中の六年生がドクタケ忍者に捕まるところを見てしまいます。自分が助けなければ…！と奮起する乱太郎。乱太郎は六年生を救い、忍術学園に戻ることができるのか！？迷いながらも、仲間とともにひたむきに頑張る等身大の忍たまを、宿敵ドクタケ城との戦いの中でドラマティックに描きだします。