木之本桜は、体育が得意な小学4年生。
ある日、さくらが学校から帰ると、誰もいないはずの地下の書庫に何者かの気配がしました。さくらが下におりてみると、そこには1冊の金色に光る本がありました。
中には、カードが入っていましたが、そこに書かれた文字を読み上げたとたん、激しい風が起こって、カードがバラバラに飛び散ってしまいました。
残された本の中から、ケルベロスと名のる奇妙な生き物があらわれ、本に収められていたクロウカードの封印が解かれるとき、この世に災いが起こると言います。そしてケルベロスはさくらに封印(ふういん)の鍵を与え、カードを捕獲(ほかく)するカードキャプターにしてしまいます。
その夜から、さくらは魔法を使って、実体化したカードに立ち向かうのですが・・・。
さくらは、カードを全部もとにもどせるのでしょうか?