都立ツツジ台高校。
放課後の教室で、響裕太は記憶の中にあるはずのグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。
かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。
その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。
２年生に進級し、六花と別のクラスになった裕太は告白を決意する。
そんな平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始めた。
裕太に訪れる危機の最中、突如現れるグリッドマンは語りかける。
「この世界のバランスが崩れようとしている」
やがて真紅の強竜ダイナレックスや、グリッドマンの協力者である新世紀中学生、そして別世界の住人、麻中蓬たちも裕太の前に次々と現れる。
六花への想いを秘めたまま、裕太の非日常が始まった。