1930年代、欧州を中心に突如出現した人類の敵「ネウロイ」。通常の兵器による破壊が困難なネウロイに対抗できるのは、ウィッチと呼ばれる、特殊な魔法力を持った少女たちだけだった…。「ブレイブウィッチーズ」は「ストライクウィッチーズ」第1期と第2期の間の物語。1944年9月、第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」を中心とした連合軍の活躍で、ガリア共和国上空のネウロイの巣が消滅、欧州西部の安全が確保された。これを機に、連合軍は本格的に欧州中央～東部方面への反抗作戦を計画。オラーシャ帝国ペテルブルグに基地を構える、第502統合戦闘航空団「ブレイブウィッチーズ」にも出撃の命が下されようとしていた。人類の希望を背に、勇気あるウィッチ達が、東欧の寒空を駆け巡る。