総人口二三〇万人、その人口の約八割が学生ということから、「学園都市」と呼ばれるその都市では、超能力の開発が行われていた。その頂点に立ち、最強と謳われる七人の「超能力者(レベル5)」のひとり、御坂美琴。『電撃使い(エレクトロマスター)』最上位の能力者にして『超電磁砲(レールガン)』の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま学校・常盤台中学に通う14歳の女子中学生。後輩の白井黒子たちと、学園都市的日常生活を送っていた――。この物語は、平和で平凡で、ちょっぴり変わった能力者の少女たちの日常を描くものである。