《SAO》事件から一年が経ったある日、キリトは、総務省《仮想課》の菊岡誠二郎から奇妙な依頼を受ける。
それは、銃と鋼鉄のVRMMO《ガンゲイル・オンライン(GGO)》で突如発生した怪現象《死銃(デス・ガン)》事件の捜査であった。

漆黒の銃を持つ謎のアバターに撃たれたプレイヤーは、実際に現実世界でも《死》に至る……。
その不気味な事件の捜査を断りきれなかったキリトは、《仮想世界》が《現実世界》へ物理的に影響を及ぼすことに疑いを抱きつつも、《GGO》へとログインする。

《死銃》の手がかりを掴むべく、不慣れなゲーム内を彷徨うキリト。
そんな彼に救いの手を差し伸べたのは、長大なライフル《ヘカートⅡ》を愛用するスナイパーの少女・シノンだった。

彼女の力を借りたキリトは、自らがターゲットとなって《死銃》との接触を試みるべく、全ガンナーの頂点たる対人トーナメント《バレット・オブ・バレッツ》に挑む……。