正義のオートボットと悪のディセプティコンの戦争が終わってから15年。
ペンシルベニア州の小さな町ウィトウィッキーに引っ越してきたマルト一家のロビーとモーの兄妹は、偶然入った洞窟で、テランと呼ばれる地球生まれの新しいトランスフォーマーを誕生させてしまう。
一方、新たな敵がウィトウィッキーの町に迫っていると察知したオプティマスは、かつて戦争でともに戦ったロビーとモーの母親ドットを訪ね、協力してほしいと頼む。

トランスフォーマーたちを狙う新たな敵とはいったい何者なのか。
家族を、トランスフォーマー達を守るため、みんなで敵に立ち向かう！