お台場とデジタルワールドを行き来した冒険の日々から10年が過ぎた2012年。それぞれの道を歩き出しつつも、大輔たち選ばれし子どもたちとパートナーデジモンは変わらぬ絆で結ばれていた。そんなある日、突如巨大なデジタマが東京タワー上空に出現し、世界中へメッセージが発信される。
「みんなにともだちを。世界中すべてのひとにデジモンを」
世界がその動向を注目する中、大輔たちの前に欠けたデジヴァイスを持った青年・大和田ルイが現れる。選ばれし子ども誕生の裏側には、幼いルイのたった一つの願いが隠されていた……。
過去そして現在、全てが繋がった時、デジモン史上最大の危機が訪れる。果たして大輔たち02チームが選んだ道とは？ 今再び、大人になった選ばれし子どもたちが出動する！