科学省を訪れる熱斗とメイル。科学省では、熱斗の父・光裕一朗博士を中心に、ネットナビの三次元化の研究を行っていた。 新しく開発した、オペレーターとネットナビの融合（クロスフュージョン）を可能にするシンクロチップを使って、ディメンショナルエリアという特殊な空間にネットナビを疑似物質化する実験だ。実験が成功すれば、いつか自分たちも融合出来る･･･？と期待の目で実験を見守る熱斗とロックマン。
「クロスフュージョン！」の掛け声で、PETにシンクロチップを挿入する実験要員。
しかしネットナビと融合したのは一瞬で、すぐに分離してしまった！実験結果にがっかりの熱斗であったが、その直後科学省のメインコンピューターに大量のウィルスが侵入！破壊活動を開始するウィルス達に対し立ち向かう熱斗であったが・・。