東京でハイテンション女子高生ライフを送る、小山門出と“おんたん”こと中川凰蘭。学校や受験勉強に追われつつも毎晩オンラインゲームで盛り上がる2人が暮らす街の上空には、3年前の8月31日、突如宇宙から出現し未曽有の事態を引き起こした巨大な〈母艦〉が浮かんでいた。非日常が日常に溶け込んでしまったある夜、仲良しクラスメイトに悲劇が起こる。衝撃と哀しみに打ちのめされる二人。そんな中、凰蘭は不思議な少年に出会い「君は誰？」と問いかけられる。その途端、凰蘭の脳裏に、すっかり忘れていた門出との過去が一瞬にして蘇るのだった。
その後大学入試に合格し、亜衣や凛と同じ大学に通うことになった門出と凰蘭。大学では竹本ふたば、田井沼マコトと意気投合、会長の尾城先輩がいるオカルト研究会に入り浸るキャンパスライフが始まった。一方、宇宙からの〈侵略者〉は東京のそこかしこで目撃され、自衛隊は無慈悲な駆除活動を粛々と実行していた。上空には、傾いて煙が立ち上る母艦。政府転覆を狙い〈侵略者〉狩りを続ける過激派グループ・青共闘の暗躍。世界の終わりに向かうカウントダウンが刻まれる中、凰蘭は、またもあの不思議な少年・大葉に遭遇する…。
―そして〈母艦〉の爆発から４年後。行方不明になっていた門出の父・ノブオは廃墟と化した「8・32」と呼ばれる世界で目を覚ます。ふとしたきっかけでマコトと知り合ったノブオは、記憶を覗けるという装置で門出と凰蘭に起きた真実を知るのだった。