忍術学園の夏休みの宿題で、大トラブルが発生! 事務員・小松田秀作のミスで、忍たまたちの宿題が入れ替わってしまったのだ。

一年は組の山村喜三太に与えられた宿題は、六年生用の宿題「オーマガトキ城城主・大間賀時曲時のふんどしを取ってくる」というもの。しかも、オーマガトキ城は、タソガレドキ城と戦の真っ最中で、そのまま喜三太は行方不明となってしまう。
その事実が判明した夏休み明け、忍術学園は喜三太救出のため、宿題をしてこなかった忍たまたちによる選抜チームを結成。メンバーのきり丸、しんべヱらは、オーマガトキ城へと向かうのだった。

一方、忍術学園にはオーマガトキ領にある園田村の長老、手潟潔斎が学園長に相談にやってくる。園田村はタソガレドキ軍に攻め込まれないよう、タソガレドキ城主・黄昏甚兵衛から「かばいの制札」(戦国～江戸時代に最も多く用いられ,寺社・村落・市場などが軍隊の乱暴から免れるため,武将に請うて下付されたもの)を貰おうとしていたのだった。
状況判断のため、オーマガトキ軍とタソガレドキ軍の印を取る(両軍の兵力や武器、戦術などを調べる)ことに決めた学園長。乱太郎たち一年は組は、喜三太を探しに行くため、この調査に立候補する!