今、地球は史上最大の危機にさらされていた。プリンス・ハイネル率いる侵略軍が、宇宙の彼方にあるボアザン星から地球へと攻めてきたのだ。国防軍は壊滅的な打撃を受け、人類にはもはやなす術がないように思えた。しかし、侵略を予感していた剛博士たちは密かに対抗策を検討し、自分たちの手で超電磁マシーン・ボルテスVという最後の切り札を作り出していた。博士の息子たちを含む5人の若者が5体のマシンに搭乗すると、そのマシンが「レッツ・ボルトイン!」の掛け声と共に合体し、ボアザン星の刺客である獣士に立ち向かう巨大な戦士へと変わるのだ。5人を待ち受けているのは戦いだけではなかった。彼らの前には数奇な運命が横たわり、しかもプリンス・ハイネルとは不思議な因縁があったのである…。