黒いジャージにスカーフ姿の"夜ト(ヤト)" は、祀られる社の一つもない貧乏でマイナーな神様。

自分の社を築くべく、自分の携帯番号を街なかやトイレの壁に書き込み、賽銭＜5円＞で人助けをする、自称"デリバリーゴッド"である。

良家の令嬢・壱岐ひよりは、交通事故に遭いそうになった夜トを助けようとして、代わりに自分が交通事故に巻き込まれてしまう。
それがきっかけで"半妖(はんよう=魂が抜けやすい体質)"となったひよりは、その体質を治してもらうために夜トを追いかけ、次第に行動を共にするようになる。

さらに、夜トに拾われ、神様が使う道具"神器(しんき)"となった少年"雪音(ゆきね)"も仲間に加わり、人間に害を与える"妖(あやかし)"と戦いを繰り広げる一方で、夜トの秘められた過去がひもとかれていく。