東京西部に位置する巨大な『学園都市』。
総人口230万人を数え、その約８割を学生が占めるこの都市では、超能力開発のための特殊なカリキュラムが実施され、学生たちの能力は『無能力（レベル０）』から『超能力（レベル５）』までの六段階で評価されていた。
そんな学園都市で、能力者たちの頂点に君臨する最強の能力者・アクセラレータ。７人しかいない『超能力者』の中でも、飛び抜けた能力を誇る第一位は、その力ゆえに殺伐とした日常を送っていた。繰り返される常軌を逸した『実験』と、絶対的な力を求めた末に経験した敗北。その先に待っていた、とある少女――ラストオーダーとの出会いによって、運命が大きく変わることになる。
最強にして最凶の『悪』――アクセラレータが、学園都市の『闇』をなぎ払う!!