今や世の中の出来事はすべてプログラム化されており、"プロミン″と呼ばれる不思議なモンスターのおかげでこの世の中の仕組みは動いていた!実は身の回りで起こる不具合(バグ)は、プロミンがバグ化した"バグミン″の仕業だったのだ!このままバグミンを放っておけば、いつか大事になるかもしれない…。
少年ユートは突然現れた宇宙犬ワンダと出会い、カメラ型をはじめ様々なキーアイテムを駆使して様々なバグミンの捕獲に乗り出す!プロミンはそれぞれ、「モノを加速させる」「炎を出す」「モノを作り出す」など、"カミワザ″と言われる特別な能力をもっており、迫り来るバグミンに"カミワザ″を繰り出して対抗する!
最初は身の回りのイタズラ程度だったバグミンによる被害も、どんどん大きくなってやがて地球規模に…果たして1人と1匹は地球を救う事が出来るのか!?