人類は異形の怪生命体ヒディアーズと種の存続を賭けた戦いを続けていた。
激しい戦いの最中、少年兵レドは乗機である人型機動兵器チェインバーと時空のひずみへと呑み込まれる。
人工冬眠から目覚めたレドは、辺境の惑星・地球へと漂着したことを知る。表面のほぼすべてを海に覆われた地球で、人々は巨大な船団を組み、旧文明の遺物を海底からサルベージをして暮らしていた。
そんな船団の一つ、ガルガンティアの人々との共生を模索し始めるのだが、それは戦うこと以外の生き方を知らないレドにとって驚きに満ちた日々の始まりだった…。