強大な魔法で人々を恐怖に陥れた「魔女」たちと、人類の間で繰り広げられた「魔女狩り戦争」が終結してから150年。残存する魔導の脅威を取り締まる「異端審問官」の育成機関「対魔導学園」では、今日も若き志願者たちが訓練に励んでいた。
剣では誰にも負けない腕前を持つ草薙タケルもまた、対魔導学園に通う生徒のひとり。しかし武力の頂点は、剣から魔法、そして銃へと移り、彼が振るう"剣"はすでに時代遅れのものとなっていた。
絶望的に銃の才能に欠けるタケルが隊長を務める「35試験小隊」、通称「雑魚小隊」は、彼を含め、劣等生たちの寄せ集め部隊。そんな小隊にある日、元異端審問官である夕焼け色の髪を持つ少女・鳳桜花が入隊することに。魔女に対し異常なほどの憎しみを抱えた彼女との出会いを機に、35小隊の運命の歯車は大きく回り始める……。
「あなたは目的のためならば大切なものを捨てられますか?」
突きつけられる"瑠璃色"の問い。魔女、死霊術師、錬金術師、魔導遺産……、世界を巻き込む様々な脅威に立ち向かっていく"最弱"の雑魚小隊。それぞれに"秘密"を背負い出会った問題児たちの歩む道とは…!?