地球を奪うため、新たな敵・ナハネ、オハネフそして謎の巨大怪物体が宇宙から現れた!そのすべては、超進化研究所が密かに開発を進めていた「シンカリオン ALFA－X」が鍵を握っている…!?平穏な日々を過ごしていたハヤトら＜チームシンカリオン＞の戦いが再び幕を開ける――!!突然の敵の攻撃により父・ホクトが行方不明になってしまい、不安を隠せないハヤト。そこに現れたのは、なんと時空を超えてやってきた“9歳のホクト”だった!　光の粒子に包まれてタイムスリップしてきた＜少年ホクト＞は、地球を守るため、そして元の世界に戻るため、最新技術を結集し完成した「シンカリオン ALFA－X」の運転士になることを決心する。二人の想いとともに、北海道支部・山形支部・大宮支部・名古屋支部・京都支部・門司支部から集結した＜チームシンカリオン＞は宇宙最強の敵に立ち向かう!