情報ネットワークが発達した現代、ルパンの情報は強大なデータベースに蓄積され、今後の行動パターンまでも予測可能となった。
そんな現実を目の前に、とうとうルパンは引退を考える。だが、そこへ相棒の次元が自分の旧友という初老の犯罪者ルースターを連れてくる。彼等はルパンを仕事に誘う事に成功するのだが、その途中、スリーメイスンと名乗る悪の秘密結社によって、ルースターは絶命してしまう。
ルパンと次元は、ルースターの最後の言葉を胸に、彼が自由の女神に隠したという世界最大のダイヤ=スーパーエッグを探し出す事を誓う。それと前後して、ルパンはマイケルという天才少年に出会う。また、五ェ門はイザベルという謎めいた美女に。不二子はニヒルな大富豪ジミー・カンツに。
それぞれの思惑を胸に行動する彼らだが、運命の不思議な糸は、彼らを一つの結末へと導いて行く。