花も実もあるアニマロイド(動物型ロボット)が、平和に暮らすエドロポリス。
だが、それを脅かす、カラ丸率いるカラカラ一族が街を暗躍し始めた。
大目付役の犬山ワンコー守は、ヤッ太郎、スカシー、プルルンの3人(3匹?)を、秘密忍者隊ニャンキーとして出動させた。普段彼らは、ピザの宅配の仕事をしており、事件が起きると“ニャンキー”に変身して出動する。
出撃は、ピザ店名物の“特急便”を装い、屋根の上の巨大な砲門から高速射出される。だが、そのニャンキーを憎む者が、メカEDO城内にいた。
カラカラ一族の黒幕でお化粧好きの老中=狐塚コーン守とカツラのメットを被ったカラス幻ナリ斎である。彼らはカラス忍者を使い、巨大メカで街中を混乱に陥れようと企てる。かくしてニャンキーは、街の平和を守るため、カラカラ一族と戦い続けるのだった・・・。