『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』によって改造人間(サイボーグ)となった009たちは、
追手の暗殺者たちと戦い、自らの存在理由に迷いながらも一縷の希望も見出していた。
自分たちは〝悪〟によって与えられたこの力で〝悪〟に立ち向かうこともできる。
そんな時、イワンが〝悪魔〟の出現を警告する。一方、デーモン族の勇者・アモンと合体し、悪魔人間(デビルマン)となった不動明は飛鳥了と二人で人知れずデーモン族と闘っていた。
改造人間と悪魔人間。一つの事件により両者の道が重なった。
新たなる混乱の果てにあるのは、希望か絶望か――?!