東京の異変から10年後―――疎開先の中学校に通う五十嵐丸太(ガンタ)は、クラスメイト達と平凡な毎日を送っていた。だがある日、学校に「赤い男」が現われ、ガンタの運命は一変。無実の罪で"死刑"を宣告されたガンタは、日本唯一の完全民営化刑務所「デッドマン・ワンダーランド」に収監されてしまう。「赤い男」への復讐を胸に、監獄での過酷な生活を送るガンタは、そこで、幼なじみの少女・シロと再会する。やがて、自らの特殊能力に気付いたガンタは、「デッドマン」と呼ばれる能力者同士のバトルに身を投じることになるが…!?