「苦悩を突き抜けて、歓喜に至れ――L.V.ベートーヴェン」

音楽は人の心を照らす光――
突如として、その『光』が世界から奪われる。
空から黒い隕石『黒夜隕鉄』が降った夜、世界は様変わりした。
黒い隕石から生み出された異形の怪物『D2』が、大地と人々を蹂躙し始める。
D2は人の奏でる旋律に惹かれ、やがて『音楽』そのものが禁忌とされた。

だが、その怪物に抗う者達が現れる。

音楽を力とする少女達――『ムジカート』。
彼女達は、人類史に残る偉大な歌劇、楽曲の楽譜(スコア)を身に宿し、D2を撃ち破る力とした。

そして、彼女達を指揮し、導く『コンダクター』。

2047年。D2との抗争によって荒廃したアメリカ。
コンダクターの『タクト』は、ムジカート『運命』と共にニューヨークを目指して旅していた。
音楽が失われた世界で、音楽を渇望する『タクト』
D2の殲滅を望むムジカート『運命』。

二人の少年と少女が生み出す旋律は、歓喜かそれとも絶望か――