忍者学校（アカデミー）を卒業したボルトたちは、忍者の見習い“下忍（げにん）”になった。これからは三人一組（スリーマンセル）のチームとなって、数々の任務をこなしていく毎日が始まる！　のだが…。
ボルト、サラダ、ミツキたちは性格もバラバラでチームワークも発揮できない。
さらに上忍（じょうにん）たちが派手な活躍を見せる中、下忍は猫探しや工事現場の手伝いなど地域に密着した任務ばかり。
ナルトが活躍した時代とは違い、今は平和な世の中で派手な戦いなどの任務は減り、忍者が受ける仕事の内容も変わっているのだった。　しかし、時には危険な任務も舞い込んできて、ボルトたちはピンチに追い込まれることも！？
様々な任務をこなしていくなかでボルトは、忍者の仕事の意味やチームワークを学び、“忍（しのび）”として成長していく。