こことは違うどこかの世界。一人の少女がたたずんでいた。真っ黒な髪に真っ黒な衣装、印象的な青い光を瞳に宿した彼女の名前はブラックロックシューター。そして、彼女は巨大な銃を手に激しい戦いに身を投じる。

一方、別な世界。中学校に進学した黒衣マトは、"小鳥遊(たかなし)"という珍しい苗字に引かれ、クラスメイトの小鳥遊ヨミに興味を持つ。一生懸命、話しかけるマトだが、ヨミはなかなか心を開かない。そんなマトの様子を、親友の神足ユウは茶化しつつも応援していた。一風変わったスクールカウンセラーの納野サヤ、部活の熱血キャプテン・小幡アラタなどに囲まれ学園生活を送るマト。
そんなある日、マトが大好きな絵本「ことりあそび」をヨミも持っていたことをきっかけに、マトはヨミの家に遊びに行くことになる。ヨミの家で次第に打ち解けていくマトとヨミ。しかし、そこにヨミの親友だという車椅子の少女・出灰カガリが現れて・・・。

二つの世界。マトとブラックロックシューター。これは彼女たちの"痛み"の物語。