故郷の田舎町から憧れのズートピアにやってきたウサギのジュディ。彼女の夢は、「立派な警察官になって世界をよりよくする」こと。
でも警察官になれるのは、サイやカバなどタフな動物だけ…けれどジュディは、現実の壁に立ち向かいながらも夢をあきらめず、見事“ウサギ初!”の警察官に!
しかし、サイやゾウなどの同僚たちが動物たちの連続行方不明事件の捜査に向かう中、ジュディに与えられた任務は駐車違反の取り締まりだった。能力を認めようとしないスイギュウのボゴ署長に憤慨したジュディは、驚異的な仕事ぶりを見せる。
ある日、街で困っているキツネの親子を助けたジュディだが、実は彼らは夢を信じない詐欺師のニック達であった。そんなニックに対して、騙されていたことへ腹を立てながらもジュディはあきらめない。
カワウソのオッタートンの行方不明事件が未捜査だと知ると、「私が探します。」と宣言する。ヒツジのベルウェザー副市長の後押しもあり、ボゴ署長はしぶしぶ認めるも、与えられた時間はたった48時間。失敗したらクビで、彼女の夢も消えてしまう…。
手がかりがほとんどなく、唯一の頼みの綱は事件の手がかりを握る詐欺師のキツネ、ニックだけ。最も相棒にふさわしくない二人は、互いにダマしダマされながら聞き込み調査を続け、有力情報をたよりにツンドラ・タウンの一台の車にたどり着く。その車内には、行方不明のオッタートンの痕跡が!
だが、その車はなんとツンドラ・タウンの闇のボス、ミスター・ビッグの車だった。ジュディとニックは手下に捕らわれるも、なんとか危機を逃れる。しかし、危機を乗り越えた二人を待っていたのは、ズートピアで何かが起こっていることを予感させる衝撃の光景だった!
ボゴたちが到着した時には、その証拠は消えジュディの言葉は誰にも信じてもらえない。しかも、大きな成果を得られないまま約束の48時間まで残り10時間――ついにジュディはボゴから「クビ」を宣告されてしまう。夢を失う危機に落ち込むジュディを救ったのは、ニックの意外な一言だった…。
果たして、ジュディの夢を信じる心は楽園の秘密を解き、世界を変えることができるのか?