学園都市製宇宙エレベーター『エンデュミオン』。その完成を目前に控えたある日、上条とインデックスは『無能力者(レベル0)』の少女・鳴護アリサと出会う。インデックスとアリサが『旺盛な食欲』という謎の繋がりで意気投合し、三人で放課後を楽しんでいた時、魔術師を引き連れたステイルが突如襲いかかってくる。そのターゲットは、アリサだった。なぜ科学サイドの人間である彼女が魔術サイドに狙われるのか?魔術サイドの強襲を受け、学園都市側は女リーダー・シャットアウラ率いる秩序維持部隊を展開する。上条とインデックス、そしてアリサを取り巻く状況が混迷を極める中、ステイルは、こう言った。「そこの彼女は、魔術サイドと科学サイドの間で戦争を引き起こしかねない」と――。