ダーク・キングダムとの壮絶な戦いから二ヶ月が過ぎて、セーラー戦士たちは、ふつうの中学2年生の女の子として平和に生活していた。セーラームーンとしての記憶を失った月野うさぎも、大阪なるや海野たちとの楽しい学園生活を送っていた。しかし、ある日宇宙から飛来した隕石が、うさぎたちの運命を一変させることに…。ふたたび始まる過酷な戦いの日々。新たな敵の出現!そして、謎の少女、ちびうさや新たなセーラー戦士も現われる!
魔界樹のエイルとアン、そしてブラックムーンと、今度の敵はダーク・キングダムよりも強い敵ばかり。しかし、ふたたび覚醒したセーラー戦士もさらにパワーアップして地球の平和を守るために戦う。そして、うさぎと地場衛の恋の行方も気になるところ。2人の恋をジャマする星十郞と夏美の銀河兄妹、さらに空から降ってきたうさぎそっくりな少女、ちびうさの正体は!? さまざまな謎を秘めて、ますますパワーアップしたセーラームーンの新たな闘いが今始まる!!