花咲つぼみは花や植物が大好きな中学2年生の女の子。ある日、つぼみは不思議な夢を見た。大きな木に咲く美しい花。だが、たちまち全ての花が落ちてしまう。そしてそこから妖精が飛び立っていく……。
それから数日後。明堂学園へ転校したつぼみの前に、なんと夢で見た妖精が現れた! 妖精はつぼみに、伝説の戦士プリキュアになって、"こころの大樹"を守って! みんなの"こころの花"を咲かせて!」と頼む。 自分にそんなことはムリと断るつぼみ。だが、突然謎の敵が襲ってきて、新しいクラスメート・来海えりかの"こころの花"を奪ってしまう。えりかの心を救うには、プリキュアになって戦うしかない!つぼみは勇気を出してプリキュアに変身する!